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一般來說，未開封的科學中藥其保存期限（EXP）約2-3年，而經醫師處方調劑後的科中，其使用期限（BUD）則約為3-6月。服藥天數小於七天的科中，較無受潮變質等問題，基本上只需存放於避光、陰涼、乾燥處即可。而大於七日的長天數科中，因其粉末特性容易吸濕結塊，產生藥品變質之疑慮，故以下內容將著重探討長天數科中的保存。
如何辨認科中是否變質？
首先要說明一點，並非結塊都是變質。包裝或存放過程中的壓力、環境中的濕度等，都有可能使藥粉產生結塊的現象。然而若僅是結塊而沒有其餘變質的徵兆，則仍舊可放心使用。反之若藥粉沒有明顯結塊現象，卻出現變質的徵兆，則不應再繼續使用。
科學中藥不像其原藥材一樣，可以由發霉、蟲蛀等明顯現象來判斷是否變質，實際上科中變質的徵象都是氣味改變居多。若要加以細分，則可分為油耗味、酸腐味、霉味等。
- 油耗味：種子類藥材，其脂肪油成分氧化後所形成的味道，同時也預示著藥物已經失效。
- 酸腐味：蛋白質成分分解時產生之氣味。
- 霉味：初始發霉階段難以用肉眼察覺，霉味可以提供佐證。
此處必須強調一點，種子類藥材從科中出廠的那一刻起，脂肪油成分便開始氧化分解。所以若處方中含有此類藥材，存在淡淡的油耗味是正常現象。但若是過於濃烈的油耗味，表示脂肪油成分多數都已氧化，則不應再繼續使用。
長天數科中的保存重點為何？
根據上述判斷科中是否變質的說明，可發現其成因歸結為氧氣及濕氣二者。因此與之相對，科中的保存應密封、防潮。建議將科中存放於保鮮盒或密封罐裡，且置於室溫陰涼乾燥處保存。使用時一次拿取一週藥量，置於密封袋中。避免時常開關保鮮盒或密封罐，確保存放條件穩定。
長天數科中是否需放冰箱保存？
先說結論，不一定需放冰箱。
一般來說溫度越低，空氣中所含水分越少；溫度越高，空氣中所含水分越多。因此冰箱空氣的濕度理論上會比室溫低。然而當冰箱物品移至室溫中時，其表面會因低溫而吸附冷凝水氣，反造成潮濕現象。故科中存放於冰箱時不是問題，問題是當從冰箱取出時，表面吸附的水氣才是致使科中受潮變質的主因。
因此並非單純地把科中放冰箱即可防止變質，仍需依存放科中的兩大重點：密封、防潮而為之。若將保鮮盒或密封罐置於室溫陰涼乾燥處保存仍無法防止科中受潮，則可考慮將保鮮盒或密封罐置於冰箱保存，且每次拿取勿使科中於室溫久置，防止吸附過多水氣。
總結
科中變質徵象多為氣味改變，其中可分為油耗味、酸腐味、霉味等。其肇因於氧氣及濕氣二者，故保存科中之兩大重點為密封、防潮。建議將科中置於保鮮盒或密封罐中，存放於室溫陰涼乾燥處。若仍舊有受潮現象，則可考慮將保鮮盒或密封罐改置於冰箱。並注意拿取時間，防止科中吸濕變質。